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公司注册在崇明还是奉贤，主要取决于您的具体需求和业务类型。
崇明岛拥有得天独厚的地理优势，位于长江入海口，地理位置优越，且近年来政府大力扶持产业发展，为投资者提供了诸多优惠政策，如果您的公司业务需要利用这些优势，比如在物流、港口、海洋产业等方面有优势，那么崇明可能是更好的选择。
奉贤地区也有其独特的优势，奉贤拥有良好的工业基础和丰富的劳动力资源，尤其在机械制造、电子信息等方面有较强的实力，如果您的公司业务需要这些资源或者想在这些领域发展，奉贤可能是更好的选择。
选择崇明还是奉贤主要取决于您的业务需求和长远规划，建议您对公司的业务类型、发展目标以及两地政策进行深入研究，做出最适合的决定。